• Računalna funkcionalna anotacija
• Filogenetsko profiliranje
• Ortologija i paralogija
• Filogenetski profili skupina OMA
• Hijerarhijska klasifikacija sa više oznaka
• Vokabular anotacije
• Slijed rada
• Računanje pouzdanosti anotacija

Filogenetsko profiliranje

Filogenetsko profiliranje (ili analiza koordiniranog pojavljivanja gena) je metoda u kojoj se pomoću informacije o homologiji opisuje i koristi podatak o kontekstu gena u genomu. To je metoda uvedena od strane Pellegrinija i suradnika 1999. godine i od tada je proširena u mnogim znanstvenim radovima. Filogenetski profil gena (ili proteina) je vektor koji opisuje njegovu prisutnost ili odsutnost u nizu genoma. Intuicija iza filogenetskog profiliranja je da geni (proteini) koji se usklađeno pojavljuju i gube trebaju biti uključeni u zajedničku funkciju 1) sudjelovanjem u istom biološkom putu (koji je stoga nepotpun bez svih članova u određenom genomu), i/ili 2) svojom korišću za fenotip u okolišu organizma. Filogenetsko profiliranje pokazuje grupiranje filogenetskih profila prema sličnosti i služi kao surogat za funkcionalno grupiranje gena ili proteina koje oni opisuju.

Filogenetski profil organizma sastoji se od redaka koji predstavljaju gene (proteine), dok stupci predstavljaju organizme u kojima se promatra uzorak prisutnosti ili odsutnosti:

Pregledni radovi u kojima se detaljinije opisuje filogenetsko profiliranje (na engleskom jeziku):

• Practical and theoretical advances in predicting the function of a protein by its phylogenetic distribution
• Predicting protein linkages in bacteria: Which method is best depends on task
• Protein function prediction - the power of multiplicity