Filogenetski profili OMA skupina
U našem radu funkcionalne anotacije formirat ćemo filogenetske profile grupa ortologa, čime stvaramo velike multi-genomske setove podataka. U ovom slučaju uzorak prisutnosti ili odsutnosti odgovara pojavljivanju gena iz pojedinog organizma u OMA grupi za koju se pojedini redak filogenetskog profila formira.
U postupku funkcionalne anotacije primijetili smo da uvođenje paraloga koje je pronašao OMA algoritam poboljšava prediktivnu točnost filogenetskog profiliranja (rezultati nisu objavljeni), kada se kao mjera uspješnosti koriste metode strojnog učenja. Poboljšanja se mogu uočiti kada se, primjerice, vizualiziraju redovi filogenetskog profila svih OMA skupina kojima je dodijeljena funkcija iz Ontologije gena (engl. Gene Ontology) GO:0001539 - “cilijarna ili flagelarna pokretljivost” (engl. “ciliary or flagellar motility”).
Obrasce u stupcima filogenetskih profila jasno se razlikuju kada nema dodanih paraloga, ali postaju još više istaknuti kada su paralozi dodani. Nakon sustavnog vrednovanja uspješnosti računalnog predviđanja za sve GO pojmove koji se koriste, možemo zaključiti da dodatak paraloga obogaćuje filogenetske profile, a predviđanja genske funkcije dobivene pomoću ove metode prikazali smo u GORBI bazi podataka.
© 2010 Design by: styleshout Webmaster: mb
Contact:
GORBI: Gene Ontology at Ruđer Bošković Institute by http://gorbi.irb.hr is licensed under a Creative Commons Attribution-Non-Commercial-Share Alike 3.0 Croatia License.